Alla base di un programma di attuazione diretta si pone l’atto (normalmente un Regolamento) comunitario che lo istituisce (“base giuridica”). In tale documento vengono definiti gli obiettivi generali, le linee specifiche di intervento, il budget e la durata del programma. Nell’arco di attività del programma, le Direzioni Generali della Commissione pubblicano degli inviti a presentare proposte (call for proposals). La gestione diretta dei vari programmi è invece effettuata nella maggior parte dei casi tramite agenzie esterne incaricate dalla Commissione europea.